Os peixes autóctones estudados até a década de 1980 e de interesse para a piscicultura, eram na sua maioria de hábito carnívora, e, se prestavam mais para piscicultura semi-intensiva e a extensiva. Estas espécies apresentaram sérias dificuldades em serem criadas em piscicultura intensiva, quer pela baixa conversão alimentar, quer pelo problema de fornecimento contínuo de peixes forrageiras que servem de alimentos e que tornam, inviáveis em sistema de monocultivo. Podem citar o tucunaré, Cichla ocellaris; apaiari, Astronotus ocellatus; traira, Hoplias malabaricus; trairão, Hoplias lacerdae; peixe-rei, Odontesches bonariensis, pescada do Piauí, Plagioscion squasissimum e outros.
Entretanto, a partir da década de 90, começaram a pesquisar espécies mais promissoras destacando-se aquelas pertencentes ao gênero Colossoma (tambaqui, C. macropomum; pirapitinga, C. bidens e pacu, Piaractus mesopotamicus), Brycon (matrixan, Bricon sp; piracanjuba, B. Orbignyanus e piramutaba, B. vaillanti) e Leporinus (piapara, L. obtusidens; piava, L. copellandii).
De todas estas espécies, o tambaqui, Colossoma macroporum e o pacu, Piaractus mesopotamicus e seus híbridos (principalmente o Tambacú) tem merecido maior atenção por parte dos pesquisadores, devido ao seu hábito alimentar, facilidade de manejo, e adaptação ao arraçoamento. Embora não tenha técnicas plenamente conhecidos quanto aos aspectos relativo à sua biologia, autoecologia e estudos mais detalhados a respeito de seus requerimentos nutricionais; os resultados obtidos relacionados com a reprodução induzida e cultivo experimental em tanques e viveiros, fazem com que estas espécies sejam conhecidas como as de maior potencial para a piscicultura de águas tropicais em todo o mundo.